Robert Weaver Molecular Biology Pdf

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L-アラビノースオペロン（英: L-arabinose operon）はaraオペロンまたはaraBADオペロンとも呼ばれ、大腸菌Escherichia coliにおいて五炭糖のL-アラビノースを分解するために必要なオペロンである[1]。L-アラビノースオペロンにはaraB、araA、araDの3つの構造遺伝子（まとめてaraBADと呼ばれる）が含まれており、これらはL-アラビノースの代謝に必要な3つの酵素をコードしている[2]。これらの遺伝子から産生されるAraB（リブロキナーゼ）、AraA（イソメラーゼ）、AraD（エピメラーゼ）は、L-アラビノースをペントースリン酸経路の中間体であるD-キシルロース-5-リン酸へ変換する[2]。

Hirokawa, in Encyclopedia of Cell Biology, 2016 Regulation of the Expression Levels of Kinesins. Haploinsufficiency of the Kif1b gene can lead to peripheral neuropathy due to a reduction in the levels of the KIF1Bβ protein (Zhao et al., 2001), demonstrating that changes in the gene dosage of KIFs may be reflected by altered protein expression levels and rates of cargo trafficking. Get all of Hollywood.com's best Celebrities lists, news, and more. General overview. In its earliest manifestations, molecular biology—the name was coined by Warren Weaver of the Rockefeller Foundation in 1938 —was an idea of physical and chemical explanations of life, rather than a coherent discipline.

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L-アラビノースオペロンの構造遺伝子は共通のプロモーターから1本の転写産物（mRNA）として転写される[3]。L-アラビノースオペロンの発現は、araC調節遺伝子の産物とカタボライト活性化タンパク質（英語版）（CAP）-cAMP複合体によって、単一のユニットとして制御される[4]。調節タンパク質AraCはアラビノースレベルに対する感受性があり、アラビノース存在下でのアクチベーター（英語版）、アラビノース不在下のリプレッサーとしての二重の機能によってaraBADの発現を調節する[5]。AraCタンパク質はaraBADの発現を制御するだけでなく、AraCのレベルが高い場合に自身の発現の自己制御も行う[6]。

構造[編集]

L-アラビノースオペロンは構造遺伝子と、オペレーター領域（araO1、araO2）とイニシエーター領域（araI1、araI2）を含む調節領域から構成される[7]。構造遺伝子であるaraB、araA、araDはL-アラビノースの異化に関する酵素をコードしている。また、CAP-cAMP複合体が結合してカタボライト抑制（英語版）を促進するCAP結合部位が存在し、細胞のグルコース欠乏時にaraBADを正に調節する[8]。

大腸菌E. coliのL-アラビノースオペロンの構造。エピメラーゼをコードしている「araC」はaraDの誤りである。
Molecular

調節遺伝子であるaraCは、L-アラビノースオペロンの上流に位置し、アラビノース応答性調節タンパク質AraCをコードしている。 araCとaraBADにはそれぞれ異なるプロモーターが存在し、RNAポリメラーゼの結合と転写の開始は個別に行われる[4]。araBADとaraCは、それぞれaraBADプロモーター（PBAD）とaraCプロモーター（PC）から逆方向に転写される[2]。

機能[編集]

  • araAはL-アラビノースイソメラーゼをコードし、L-アラビノースとL-リブロースの間の異性化を触媒する。
  • araBはリブロキナーゼをコードし、L-リブロースのリン酸化を触媒してL-リブロース-5-リン酸を形成する。
  • araDはL-リブロース-5-リン酸-4-エピメラーゼをコードし、L-リブロース-5-リン酸とD-キシルロース-5-リン酸の間のエピマー化を触媒する。
araBADオペロンによってコードされる3つの酵素の作用による、L-アラビノースの代謝経路。
大腸菌E. coliにおけるアラビノースの異化
基質酵素機能Reversible可逆産物
L-アラビノースAraAイソメラーゼYesL-リブロース
L-リブロースAraBリブロキナーゼNoL-リブロース-5-リン酸
L-リブロース-5-リン酸AraDエピメラーゼYesD-キシルロース-5-リン酸

L-リブロース-5-リン酸とD-キシルロース-5-リン酸はどちらも、ペントースの代謝とヘキソースの代謝を関連付けるペントースリン酸経路の代謝産物である[6]。

調節[編集]

AraC単量体の構造
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L-アラビノースシステムは、CAP-cAMPアクチベーターだけでなく、AraCタンパク質の結合によっても正または負に制御されている。AraCはホモ二量体として機能し、L-アラビノースオペロンのオペレーター領域とイニシエーター領域との相互作用によってaraBADの転写を制御する。AraCの各単量体は、DNA結合ドメインと二量体化ドメインの2つのドメインから構成される[9]。二量体化ドメインはアラビノースの結合を担う[10]。アラビノースの結合に伴ってAraCはコンフォメーションが変化し、そのためAraCには2つの異なるコンフォメーションが存在する[6]。AraCのコンフォメーションは、アロステリックなインデューサー（英語版）であるアラビノースの結合によって純粋に決定される[11]。

またAraCは、自身の濃度が高くなりすぎた際に自身の発現を負に自己制御する。AraCの合成は、オペレーター領域（araO1）への二量体型AraCの結合によって抑制される。

araBADの負の調節[編集]

AraCタンパク質によるL-アラビノースオペロンの負の調節

アラビノースが存在しないときには、細胞はアラビノースを分解するaraBADの産物を必要としない。そのため、二量体型AraCがリプレッサーとして機能する。一方の単量体がaraBADのオペレーター（araO2）に結合し、もう一方の単量体はaraI1と呼ばれる離れたDNA領域に結合する[12]。これによってDNAのループが形成され[13]、araBADのプロモーターへのRNAポリメラーゼの結合がブロックされる[14]。そのため、araBADの構造遺伝子の転写が阻害される[15]。

araBADの正の調節[編集]

二量体型AraCとCAP-cAMPによるL-アラビノースオペロンの正の調節

araBADオペロンの発現は、グルコースが存在せずアラビノースが存在するときに活性化される。アラビノース存在下では、AraCとCAPの双方が協働してアクチベーターとして機能する[16]。

AraCを介した調節[編集]

AraCはアラビノースの存在下でアクチベーターとして機能する。AraCの二量体化ドメインにアラビノースが結合すると、AraCにはコンフォメーション変化が生じる。その結果、AraC-アラビノース複合体はaraO2から解離し、DNAのループ構造が破壊される。AraC-アラビノース複合体にとっては、2つの近接した部位（araI1とaraI2）に結合する方がエネルギー的に有利となる。一方の単量体がaraI1に結合し、もう一方の単量体がaraI2に結合する。言い換えれば、AraCのへaraI2の結合は、アラビノースによってアロステリックに誘導される。この配置ではAraCの単量体の1つはaraBADプロモーターの近傍に位置し、RNAポリメラーゼがプロモーターに結合して転写を開始するのを助ける[17]。

CAP/cAMPを介した調節（カタボライト抑制）[編集]

大腸菌が好む糖であるグルコースの不在下でのみ、CAPは転写のアクチベーターとして機能する[18]。グルコースの不在下では、araI1とaraO1の間に位置するCAP結合部位に対し、CAP-AMP複合体が高いレベルで結合する[19]。CAP-cAMPの結合はaraI1とaraO2の間のDNAループ構造を開き、AraCタンパク質のaraI2に対する結合親和性を高めることでaraBADプロモーターへのRNAポリメラーゼの結合を促進し、L-アラビノースの代謝に必要なaraBADの発現のスイッチを入れる。

araCの発現の自己調節

AraCの自己調節[編集]

araCの発現は、自身のタンパク質産物であるAraCによって負に制御されている。過剰なAraCはaraC遺伝子のオペレーターであるaraO1に結合し、高レベルのAraCはRNAポリメラーゼがaraCプロモーターにアクセスするのを物理的にブロックする[20]。すなわち、AraCタンパク質は高濃度では自身の発現を阻害する[16]。

タンパク質発現系での利用[編集]

L-アラビノースオペロンは1970年以降分子生物学研究において注目され続けており、遺伝学、生化学、生理学、生物工学のレベルでの広く研究が行われている[3]。L-アラビノースオペロンはタンパク質発現系で広く利用されており、緊密な制御下で標的遺伝子の発現を行うためにaraBADプロモーターが利用されている。araBADプロモーターを標的遺伝子と融合することで、標的遺伝子の発現をアラビノースのみによって調節することができるようになる。例えば、pGLOプラスミドはPBADプロモーターの制御下に緑色蛍光タンパク質（GFP）遺伝子を含んでおり、アラビノースによってGFPの産生が誘導される。

出典[編集]

  1. ^Voet, Donald & Voet, Judith G. (2011). Biochemistry (4th. ed.). Hoboken, NJ: John Wiley & Sons. pp. 1291–1294. ISBN978-0470-57095-1
  2. ^ abcSchleif, Robert (2000). “Regulation of the L-arabinose operon of Escherichia coli”. Trends in Genetics16 (12): 559–565. doi:10.1016/S0168-9525(00)02153-3. PMID11102706.
  3. ^ abWatson, James D. (2008). Molecular biology of the gene (6th. ed.). Harlow: Addison-Wesley. pp. 634–635. ISBN9780321507815
  4. ^ abSchleif, Robert (2010). “AraC protein, regulation of the l-arabinose operon in, and the light switch mechanism of AraC action”. FEMS Microbiology Reviews34 (5): 779–796. doi:10.1111/j.1574-6976.2010.00226.x. PMID20491933.
  5. ^Lobell, R. B.; Schleif, R. F. (1990). “DNA looping and unlooping by AraC protein.”. Science250 (4980): 528–532. doi:10.1126/science.2237403. PMID2237403.
  6. ^ abcSchleif, Robert (2003). “AraC protein: A love-hate relationship”. BioEssays25 (3): 274–282. doi:10.1002/bies.10237.
  7. ^Schleif, Robert; Lis, John T. (1975). “The regulatory region of the l-arabinose operon: A physical, genetic and physiological study”. Journal of Molecular Biology95 (3): 417–431. doi:10.1016/0022-2836(75)90200-4.
  8. ^Ogden, S; Haggerty, D; Stoner, CM; Kolodrubetz, D; Schleif, R (1980). “The Escherichia coli L-arabinose operon: binding sites of the regulatory proteins and a mechanism of positive and negative regulation.”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America77 (6): 3346–3350. doi:10.1073/pnas.77.6.3346. PMC: 349612. PMID6251457.
  9. ^Bustos, S. A; Schleif, R. F (1993). “Functional domains of the AraC protein.”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America90 (12): 5638–5642. doi:10.1073/pnas.90.12.5638. PMC: 46776. PMID8516313.
  10. ^Saviola, B; Seabold, R; Schleif, R. F (1998). “Arm-domain interactions in AraC.”. Journal of Molecular Biology278 (3): 539–548. doi:10.1006/jmbi.1998.1712.
  11. ^Griffiths, Anthony J.; Wessler, Susan R. (2015). Introduction to genetic analysis (11th ed.). New York, NY: Freeman. pp. 413–414. ISBN9781429276344
  12. ^Casadaban, Malcolm J. (1976). “Regulation of the regulatory gene for the arabinose pathway, araC”. Journal of Molecular Biology104 (3): 557–566. doi:10.1016/0022-2836(76)90120-0.
  13. ^Seabold, Robert R; Schleif, Robert F (1998). “Apo-AraC actively seeks to loop”. Journal of Molecular Biology278 (3): 529–538. doi:10.1006/jmbi.1998.1713.
  14. ^Hendrickson, William; Schleif, Robert (1984). “Regulation of the Escherichia coli L-arabinose operon studied by gel electrophoresis DNA binding assay”. Journal of Molecular Biology178 (3): 611–628. doi:10.1016/0022-2836(84)90241-9.
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  17. ^Hartwell, Leland; Hood, Leroy (2010). Genetics : from genes to genomes (4th ed.). Boston: McGraw-Hill Education. p. 528. ISBN9780071102155
  18. ^Cox, Michael M.; Doudna, Jennifer A.; O'Donnell, Michael E. (2012). Molecular biology : principles and practice (International ed.). New York: W.H. Freeman. pp. 707–708. ISBN9781464102257
  19. ^Griffiths, Anthony J.F. (2002). Modern genetic analysis: integrating genes and genomes (2nd. ed.). New York: W.H. Freeman. pp. 432–433. ISBN0716743825
  20. ^Lee, N. L; Gielow, W.O; Wallace, R. G (1981). “Mechanism of araC autoregulation and the domains of two overlapping promoters, Pc and PBAD, in the L-arabinose regulatory region of Escherichia coli.”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America78 (2): 752–756. doi:10.1073/pnas.78.2.752. PMC: 319880. PMID6262769.

関連項目[編集]

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  • カタボライト抑制（英語版）

大腸菌の他のオペロンシステム

  • ガラクトースオペロン（英語版）
  • トリプトファンオペロン（英語版）
  • gabオペロン（英語版）

外部リンク[編集]

  • Modern Genetic Analysis by Griffiths, A.J et al. (online textbook)
  • Biochemistry by Berg, J.M et al. (online textbook)
  • An Introduction to Genetic Analysis by Griffiths, A.J et al. (online textbook)
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